/[webpac2]/trunk/lib/WebPAC/Input.pm
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Diff of /trunk/lib/WebPAC/Input.pm

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revision 3 by dpavlin, Sat Jul 16 11:07:38 2005 UTC revision 757 by dpavlin, Tue Oct 10 10:57:59 2006 UTC
# Line 3  package WebPAC::Input; Line 3  package WebPAC::Input;
3  use warnings;  use warnings;
4  use strict;  use strict;
5    
6    use blib;
7    
8    use WebPAC::Common;
9    use base qw/WebPAC::Common/;
10    use Data::Dumper;
11    use Encode qw/from_to/;
12    
13  =head1 NAME  =head1 NAME
14    
15  WebPAC::Input - core module for input file format  WebPAC::Input - read different file formats into WebPAC
16    
17  =head1 VERSION  =head1 VERSION
18    
19  Version 0.01  Version 0.13
20    
21  =cut  =cut
22    
23  our $VERSION = '0.01';  our $VERSION = '0.13';
24    
25  =head1 SYNOPSIS  =head1 SYNOPSIS
26    
27  This module will load particular loader module and execute it's functions.  This module implements input as database which have fixed and known
28    I<size> while indexing and single unique numeric identifier for database
29    position ranging from 1 to I<size>.
30    
31    Simply, something that is indexed by unmber from 1 .. I<size>.
32    
33    Examples of such databases are CDS/ISIS files, MARC files, lines in
34    text file, and so on.
35    
36    Specific file formats are implemented using low-level interface modules,
37    located in C<WebPAC::Input::*> namespace which export C<open_db>,
38    C<fetch_rec> and optional C<init> functions.
39    
40  Perhaps a little code snippet.  Perhaps a little code snippet.
41    
42      use WebPAC::Input;          use WebPAC::Input;
43    
44            my $db = WebPAC::Input->new(
45                    module => 'WebPAC::Input::ISIS',
46                    low_mem => 1,
47            );
48    
49            $db->open( path => '/path/to/database' );
50            print "database size: ",$db->size,"\n";
51            while (my $rec = $db->fetch) {
52                    # do something with $rec
53            }
54    
55    
     my $db = WebPAC::Input->new(  
         format => 'NULL',  
         config => $config,  
     );  
   
     $db->open('/path/to/database');  
     print "database size: ",$db->size,"\n";  
     while (my $row = $db->fetch) {  
         ...  
     }  
     $db->close;  
56    
57  =head1 FUNCTIONS  =head1 FUNCTIONS
58    
# Line 41  Perhaps a little code snippet. Line 60  Perhaps a little code snippet.
60    
61  Create new input database object.  Create new input database object.
62    
63    my $db = new WebPAC::Input( format => 'NULL' );    my $db = new WebPAC::Input(
64            module => 'WebPAC::Input::MARC',
65            encoding => 'ISO-8859-2',
66            low_mem => 1,
67            recode => 'char pairs',
68            no_progress_bar => 1,
69      );
70    
71    C<module> is low-level file format module. See L<WebPAC::Input::ISIS> and
72    L<WebPAC::Input::MARC>.
73    
74    Optional parametar C<encoding> specify application code page (which will be
75    used internally). This should probably be your terminal encoding, and by
76    default, it C<ISO-8859-2>.
77    
78    Default is not to use C<low_mem> options (see L<MEMORY USAGE> below).
79    
80  This function will load needed wrapper module and  C<recode> is optional string constisting of character or words pairs that
81    should be replaced in input stream.
82    
83    C<no_progress_bar> disables progress bar output on C<STDOUT>
84    
85    This function will also call low-level C<init> if it exists with same
86    parametars.
87    
88  =cut  =cut
89    
90  sub new {  sub new {
91          my $class = shift;          my $class = shift;
92          my $self = {@_};          my $self = {@_};
93          bless($self, $class);          bless($self, $class);
94    
95            my $log = $self->_get_logger;
96    
97            $log->logconfess("code_page argument is not suppored any more. change it to encoding") if ($self->{lookup});
98            $log->logconfess("lookup argument is not suppored any more. rewrite call to lookup_ref") if ($self->{lookup});
99    
100            $log->logconfess("specify low-level file format module") unless ($self->{module});
101            my $module_path = $self->{module};
102            $module_path =~ s#::#/#g;
103            $module_path .= '.pm';
104            $log->debug("require low-level module $self->{module} from $module_path");
105    
106            require $module_path;
107    
108            # check if required subclasses are implemented
109            foreach my $subclass (qw/open_db fetch_rec init dump_rec/) {
110                    # FIXME
111            }
112    
113            $self->{'encoding'} ||= 'ISO-8859-2';
114    
115            # running with low_mem flag? well, use DBM::Deep then.
116            if ($self->{'low_mem'}) {
117                    $log->info("running with low_mem which impacts performance (<32 Mb memory usage)");
118    
119                    my $db_file = "data.db";
120    
121                    if (-e $db_file) {
122                            unlink $db_file or $log->logdie("can't remove '$db_file' from last run");
123                            $log->debug("removed '$db_file' from last run");
124                    }
125    
126                    require DBM::Deep;
127    
128                    my $db = new DBM::Deep $db_file;
129    
130                    $log->logdie("DBM::Deep error: $!") unless ($db);
131    
132                    if ($db->error()) {
133                            $log->logdie("can't open '$db_file' under low_mem: ",$db->error());
134                    } else {
135                            $log->debug("using file '$db_file' for DBM::Deep");
136                    }
137    
138                    $self->{'db'} = $db;
139            }
140    
141          $self ? return $self : return undef;          $self ? return $self : return undef;
142  }  }
143    
144  =head2 open  =head2 open
145    
146    This function will read whole database in memory and produce lookups.
147    
148     $input->open(
149            path => '/path/to/database/file',
150            code_page => 'cp852',
151            limit => 500,
152            offset => 6000,
153            stats => 1,
154            lookup_coderef => sub {
155                    my $rec = shift;
156                    # store lookups
157            },
158            modify_records => {
159                    900 => { '^a' => { ' : ' => '^b' } },
160                    901 => { '*' => { '^b' => ' ; ' } },
161            },
162            modify_file => 'conf/modify/mapping.map',
163     );
164    
165    By default, C<code_page> is assumed to be C<cp852>.
166    
167    C<offset> is optional parametar to position at some offset before reading from database.
168    
169    C<limit> is optional parametar to read just C<limit> records from database
170    
171    C<stats> create optional report about usage of fields and subfields
172    
173    C<lookup_coderef> is closure to called to save data into lookups
174    
175    C<modify_records> specify mapping from subfields to delimiters or from
176    delimiters to subfields, as well as oprations on fields (if subfield is
177    defined as C<*>.
178    
179    C<modify_file> is alternative for C<modify_records> above which preserves order and offers
180    (hopefully) simplier sintax than YAML or perl (see L</modify_file_regex>). This option
181    overrides C<modify_records> if both exists for same input.
182    
183    Returns size of database, regardless of C<offset> and C<limit>
184    parametars, see also C<size>.
185    
186  =cut  =cut
187    
188  sub open {  sub open {
189            my $self = shift;
190            my $arg = {@_};
191    
192            my $log = $self->_get_logger();
193    
194            $log->logconfess("lookup argument is not suppored any more. rewrite call to lookup_coderef") if ($arg->{lookup});
195            $log->logconfess("lookup_coderef must be CODE, not ",ref($arg->{lookup_coderef}))
196                    if ($arg->{lookup_coderef} && ref($arg->{lookup_coderef}) ne 'CODE');
197    
198            $log->debug( $arg->{lookup_coderef} ? '' : 'not ', "using lookup_coderef");
199    
200            $log->logcroak("need path") if (! $arg->{'path'});
201            my $code_page = $arg->{'code_page'} || 'cp852';
202    
203            # store data in object
204            $self->{'input_code_page'} = $code_page;
205            foreach my $v (qw/path offset limit/) {
206                    $self->{$v} = $arg->{$v} if ($arg->{$v});
207            }
208    
209            my $filter_ref;
210            my $recode_regex;
211            my $recode_map;
212    
213            if ($self->{recode}) {
214                    my @r = split(/\s/, $self->{recode});
215                    if ($#r % 2 != 1) {
216                            $log->logwarn("recode needs even number of elements (some number of valid pairs)");
217                    } else {
218                            while (@r) {
219                                    my $from = shift @r;
220                                    my $to = shift @r;
221                                    $recode_map->{$from} = $to;
222                            }
223    
224                            $recode_regex = join '|' => keys %{ $recode_map };
225    
226                            $log->debug("using recode regex: $recode_regex");
227                    }
228    
229            }
230    
231            my $rec_regex;
232            if (my $p = $arg->{modify_file}) {
233                    $log->debug("using modify_file $p");
234                    $rec_regex = $self->modify_file_regexps( $p );
235            } elsif (my $h = $arg->{modify_records}) {
236                    $log->debug("using modify_records ", Dumper( $h ));
237                    $rec_regex = $self->modify_record_regexps(%{ $h });
238            }
239            $log->debug("rec_regex: ", Dumper($rec_regex)) if ($rec_regex);
240    
241            my $class = $self->{module} || $log->logconfess("can't get low-level module name!");
242    
243            my $ll_db = $class->new(
244                    path => $arg->{path},
245    #               filter => sub {
246    #                       my ($l,$f_nr) = @_;
247    #                       return unless defined($l);
248    #                       from_to($l, $code_page, $self->{'encoding'});
249    #                       $l =~ s/($recode_regex)/$recode_map->{$1}/g if ($recode_regex && $recode_map);
250    #                       return $l;
251    #               },
252                    %{ $arg },
253            );
254    
255            unless (defined($ll_db)) {
256                    $log->logwarn("can't open database $arg->{path}, skipping...");
257                    return;
258            }
259    
260            my $size = $ll_db->size;
261    
262            unless ($size) {
263                    $log->logwarn("no records in database $arg->{path}, skipping...");
264                    return;
265            }
266    
267            my $from_rec = 1;
268            my $to_rec = $size;
269    
270            if (my $s = $self->{offset}) {
271                    $log->debug("skipping to MFN $s");
272                    $from_rec = $s;
273            } else {
274                    $self->{offset} = $from_rec;
275            }
276    
277            if ($self->{limit}) {
278                    $log->debug("limiting to ",$self->{limit}," records");
279                    $to_rec = $from_rec + $self->{limit} - 1;
280                    $to_rec = $size if ($to_rec > $size);
281            }
282    
283            # store size for later
284            $self->{size} = ($to_rec - $from_rec) ? ($to_rec - $from_rec + 1) : 0;
285    
286            $log->info("processing $self->{size}/$size records [$from_rec-$to_rec] convert $code_page -> $self->{encoding}", $self->{stats} ? ' [stats]' : '');
287    
288            # read database
289            for (my $pos = $from_rec; $pos <= $to_rec; $pos++) {
290    
291                    $log->debug("position: $pos\n");
292    
293                    my $rec = $ll_db->fetch_rec($pos, sub {
294                                    my ($l,$f_nr) = @_;
295    #                               return unless defined($l);
296    #                               return $l unless ($rec_regex && $f_nr);
297    
298                                    $log->debug("-=> $f_nr ## $l");
299    
300                                    # codepage conversion and recode_regex
301                                    from_to($l, $code_page, $self->{'encoding'});
302                                    $l =~ s/($recode_regex)/$recode_map->{$1}/g if ($recode_regex && $recode_map);
303    
304                                    # apply regexps
305                                    if ($rec_regex && defined($rec_regex->{$f_nr})) {
306                                            $log->logconfess("regexps->{$f_nr} must be ARRAY") if (ref($rec_regex->{$f_nr}) ne 'ARRAY');
307                                            my $c = 0;
308                                            foreach my $r (@{ $rec_regex->{$f_nr} }) {
309                                                    my $old_l = $l;
310                                                    eval '$l =~ ' . $r;
311                                                    if ($old_l ne $l) {
312                                                            $log->debug("REGEX on $f_nr eval \$l =~ $r\n## old l: [$old_l]\n## new l: [$l]");
313                                                    }
314                                                    $log->error("error applying regex: $r") if ($@);
315                                            }
316                                    }
317    
318                                    $log->debug("<=- $f_nr ## $l");
319                                    return $l;
320                    });
321    
322                    $log->debug(sub { Dumper($rec) });
323    
324                    if (! $rec) {
325                            $log->warn("record $pos empty? skipping...");
326                            next;
327                    }
328    
329                    # store
330                    if ($self->{low_mem}) {
331                            $self->{db}->put($pos, $rec);
332                    } else {
333                            $self->{data}->{$pos} = $rec;
334                    }
335    
336                    # create lookup
337                    $arg->{'lookup_coderef'}->( $rec ) if ($rec && $arg->{'lookup_coderef'});
338    
339                    # update counters for statistics
340                    if ($self->{stats}) {
341    
342                            # fetch clean record with regexpes applied for statistics
343                            my $rec = $ll_db->fetch_rec($pos);
344    
345                            foreach my $fld (keys %{ $rec }) {
346                                    $self->{_stats}->{fld}->{ $fld }++;
347    
348                                    $log->logdie("invalid record fild $fld, not ARRAY")
349                                            unless (ref($rec->{ $fld }) eq 'ARRAY');
350            
351                                    foreach my $row (@{ $rec->{$fld} }) {
352    
353                                            if (ref($row) eq 'HASH') {
354    
355                                                    foreach my $sf (keys %{ $row }) {
356                                                            next if ($sf eq 'subfields');
357                                                            $self->{_stats}->{sf}->{ $fld }->{ $sf }->{count}++;
358                                                            $self->{_stats}->{sf}->{ $fld }->{ $sf }->{repeatable}++
359                                                                            if (ref($row->{$sf}) eq 'ARRAY');
360                                                    }
361    
362                                            } else {
363                                                    $self->{_stats}->{repeatable}->{ $fld }++;
364                                            }
365                                    }
366                            }
367                    }
368    
369                    $self->progress_bar($pos,$to_rec) unless ($self->{no_progress_bar});
370    
371            }
372    
373            $self->{pos} = -1;
374            $self->{last_pcnt} = 0;
375    
376            # store max mfn and return it.
377            $self->{max_pos} = $to_rec;
378            $log->debug("max_pos: $to_rec");
379    
380            # save for dump
381            $self->{ll_db} = $ll_db;
382    
383            return $size;
384  }  }
385    
386  =head2 function2  =head2 fetch
387    
388    Fetch next record from database. It will also displays progress bar.
389    
390     my $rec = $isis->fetch;
391    
392    Record from this function should probably go to C<data_structure> for
393    normalisation.
394    
395  =cut  =cut
396    
397  sub function2 {  sub fetch {
398            my $self = shift;
399    
400            my $log = $self->_get_logger();
401    
402            $log->logconfess("it seems that you didn't load database!") unless ($self->{pos});
403    
404            if ($self->{pos} == -1) {
405                    $self->{pos} = $self->{offset};
406            } else {
407                    $self->{pos}++;
408            }
409    
410            my $mfn = $self->{pos};
411    
412            if ($mfn > $self->{max_pos}) {
413                    $self->{pos} = $self->{max_pos};
414                    $log->debug("at EOF");
415                    return;
416            }
417    
418            $self->progress_bar($mfn,$self->{max_pos}) unless ($self->{no_progress_bar});
419    
420            my $rec;
421    
422            if ($self->{low_mem}) {
423                    $rec = $self->{db}->get($mfn);
424            } else {
425                    $rec = $self->{data}->{$mfn};
426            }
427    
428            $rec ||= 0E0;
429    }
430    
431    =head2 pos
432    
433    Returns current record number (MFN).
434    
435     print $isis->pos;
436    
437    First record in database has position 1.
438    
439    =cut
440    
441    sub pos {
442            my $self = shift;
443            return $self->{pos};
444  }  }
445    
446    
447    =head2 size
448    
449    Returns number of records in database
450    
451     print $isis->size;
452    
453    Result from this function can be used to loop through all records
454    
455     foreach my $mfn ( 1 ... $isis->size ) { ... }
456    
457    because it takes into account C<offset> and C<limit>.
458    
459    =cut
460    
461    sub size {
462            my $self = shift;
463            return $self->{size};
464    }
465    
466    =head2 seek
467    
468    Seek to specified MFN in file.
469    
470     $isis->seek(42);
471    
472    First record in database has position 1.
473    
474    =cut
475    
476    sub seek {
477            my $self = shift;
478            my $pos = shift || return;
479    
480            my $log = $self->_get_logger();
481    
482            if ($pos < 1) {
483                    $log->warn("seek before first record");
484                    $pos = 1;
485            } elsif ($pos > $self->{max_pos}) {
486                    $log->warn("seek beyond last record");
487                    $pos = $self->{max_pos};
488            }
489    
490            return $self->{pos} = (($pos - 1) || -1);
491    }
492    
493    =head2 stats
494    
495    Dump statistics about field and subfield usage
496    
497      print $input->stats;
498    
499    =cut
500    
501    sub stats {
502            my $self = shift;
503    
504            my $log = $self->_get_logger();
505    
506            my $s = $self->{_stats};
507            if (! $s) {
508                    $log->warn("called stats, but there is no statistics collected");
509                    return;
510            }
511    
512            my $max_fld = 0;
513    
514            my $out = join("\n",
515                    map {
516                            my $f = $_ || die "no field";
517                            my $v = $s->{fld}->{$f} || die "no s->{fld}->{$f}";
518                            $max_fld = $v if ($v > $max_fld);
519    
520                            my $o = sprintf("%4s %d ~", $f, $v);
521    
522                            if (defined($s->{sf}->{$f})) {
523                                    map {
524                                            $o .= sprintf(" %s:%d%s", $_,
525                                                    $s->{sf}->{$f}->{$_}->{count},
526                                                    $s->{sf}->{$f}->{$_}->{repeatable} ? '*' : '',
527                                            );
528                                    } sort keys %{ $s->{sf}->{$f} };
529                            }
530    
531                            if (my $v_r = $s->{repeatable}->{$f}) {
532                                    $o .= " ($v_r)" if ($v_r != $v);
533                            }
534    
535                            $o;
536                    } sort { $a cmp $b } keys %{ $s->{fld} }
537            );
538    
539            $log->debug( sub { Dumper($s) } );
540    
541            return $out;
542    }
543    
544    =head2 dump
545    
546    Display humanly readable dump of record
547    
548    =cut
549    
550    sub dump {
551            my $self = shift;
552    
553            return $self->{ll_db}->dump_rec( $self->{pos} );
554    
555    }
556    
557    =head2 modify_record_regexps
558    
559    Generate hash with regexpes to be applied using l<filter>.
560    
561      my $regexpes = $input->modify_record_regexps(
562                    900 => { '^a' => { ' : ' => '^b' } },
563                    901 => { '*' => { '^b' => ' ; ' } },
564      );
565    
566    =cut
567    
568    sub _get_regex {
569            my ($sf,$from,$to) = @_;
570            if ($sf =~ /^\^/) {
571                    return
572                            's/\Q'. $sf .'\E([^\^]*?)\Q'. $from .'\E([^\^]*?)/'. $sf .'$1'. $to .'$2/';
573            } else {
574                    return
575                            's/\Q'. $from .'\E/'. $to .'/g';
576            }
577    }
578    
579    sub modify_record_regexps {
580            my $self = shift;
581            my $modify_record = {@_};
582    
583            my $regexpes;
584    
585            my $log = $self->_get_logger();
586    
587            foreach my $f (keys %$modify_record) {
588                    $log->debug("field: $f");
589    
590                    foreach my $sf (keys %{ $modify_record->{$f} }) {
591                            $log->debug("subfield: $sf");
592    
593                            foreach my $from (keys %{ $modify_record->{$f}->{$sf} }) {
594                                    my $to = $modify_record->{$f}->{$sf}->{$from};
595                                    #die "no field?" unless defined($to);
596                                    $log->debug("transform: |$from| -> |$to|");
597    
598                                    my $regex = _get_regex($sf,$from,$to);
599                                    push @{ $regexpes->{$f} }, $regex;
600                                    $log->debug("regex: $regex");
601                            }
602                    }
603            }
604    
605            return $regexpes;
606    }
607    
608    =head2 modify_file_regexps
609    
610    Generate hash with regexpes to be applied using l<filter> from
611    pseudo hash/yaml format for regex mappings.
612    
613    It should be obvious:
614    
615            200
616              '^a'
617                ' : ' => '^e'
618                ' = ' => '^d'
619    
620    In field I<200> find C<'^a'> and then C<' : '>, and replace it with C<'^e'>.
621    In field I<200> find C<'^a'> and then C<' = '>, and replace it with C<'^d'>.
622    
623      my $regexpes = $input->modify_file_regexps( 'conf/modify/common.pl' );
624    
625    On undef path it will just return.
626    
627    =cut
628    
629    sub modify_file_regexps {
630            my $self = shift;
631    
632            my $modify_path = shift || return;
633    
634            my $log = $self->_get_logger();
635    
636            my $regexpes;
637    
638            CORE::open(my $fh, $modify_path) || $log->logdie("can't open modify file $modify_path: $!");
639    
640            my ($f,$sf);
641    
642            while(<$fh>) {
643                    chomp;
644                    next if (/^#/ || /^\s*$/);
645    
646                    if (/^\s*(\d+)\s*$/) {
647                            $f = $1;
648                            $log->debug("field: $f");
649                            next;
650                    } elsif (/^\s*'([^']*)'\s*$/) {
651                            $sf = $1;
652                            $log->die("can't define subfiled before field in: $_") unless ($f);
653                            $log->debug("subfield: $sf");
654                    } elsif (/^\s*'([^']*)'\s*=>\s*'([^']*)'\s*$/) {
655                            my ($from,$to) = ($1, $2);
656    
657                            $log->debug("transform: |$from| -> |$to|");
658    
659                            my $regex = _get_regex($sf,$from,$to);
660                            push @{ $regexpes->{$f} }, $regex;
661                            $log->debug("regex: $regex");
662                    }
663            }
664    
665            return $regexpes;
666    }
667    
668  =head1 MEMORY USAGE  =head1 MEMORY USAGE
669    
# Line 108  Dobrica Pavlinusic, C<< <dpavlin@rot13.o Line 702  Dobrica Pavlinusic, C<< <dpavlin@rot13.o
702    
703  =head1 COPYRIGHT & LICENSE  =head1 COPYRIGHT & LICENSE
704    
705  Copyright 2005 Dobrica Pavlinusic, All Rights Reserved.  Copyright 2005-2006 Dobrica Pavlinusic, All Rights Reserved.
706    
707  This program is free software; you can redistribute it and/or modify it  This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
708  under the same terms as Perl itself.  under the same terms as Perl itself.

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