/[webpac2]/trunk/lib/WebPAC/Input.pm
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Diff of /trunk/lib/WebPAC/Input.pm

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revision 6 by dpavlin, Sat Jul 16 14:44:38 2005 UTC revision 799 by dpavlin, Sun Feb 4 15:09:01 2007 UTC
# Line 3  package WebPAC::Input; Line 3  package WebPAC::Input;
3  use warnings;  use warnings;
4  use strict;  use strict;
5    
6    use blib;
7    
8    use WebPAC::Common;
9    use base qw/WebPAC::Common/;
10    use Data::Dump qw/dump/;
11    use Encode qw/from_to/;
12    
13  =head1 NAME  =head1 NAME
14    
15  WebPAC::Input - core module for input file format  WebPAC::Input - read different file formats into WebPAC
16    
17  =head1 VERSION  =head1 VERSION
18    
19  Version 0.01  Version 0.17
20    
21  =cut  =cut
22    
23  our $VERSION = '0.01';  our $VERSION = '0.17';
24    
25  =head1 SYNOPSIS  =head1 SYNOPSIS
26    
27  This module will load particular loader module and execute it's functions.  This module implements input as database which have fixed and known
28    I<size> while indexing and single unique numeric identifier for database
29    position ranging from 1 to I<size>.
30    
31    Simply, something that is indexed by unmber from 1 .. I<size>.
32    
33    Examples of such databases are CDS/ISIS files, MARC files, lines in
34    text file, and so on.
35    
36    Specific file formats are implemented using low-level interface modules,
37    located in C<WebPAC::Input::*> namespace which export C<open_db>,
38    C<fetch_rec> and optional C<init> functions.
39    
40  Perhaps a little code snippet.  Perhaps a little code snippet.
41    
42      use WebPAC::Input;          use WebPAC::Input;
43    
44            my $db = WebPAC::Input->new(
45                    module => 'WebPAC::Input::ISIS',
46            );
47    
48            $db->open( path => '/path/to/database' );
49            print "database size: ",$db->size,"\n";
50            while (my $rec = $db->fetch) {
51                    # do something with $rec
52            }
53    
54    
     my $db = WebPAC::Input->new(  
         format => 'NULL',  
         config => $config,  
         lookup => $lookup_obj,  
     );  
   
     $db->open('/path/to/database');  
     print "database size: ",$db->size,"\n";  
     while (my $row = $db->fetch) {  
         ...  
     }  
     $db->close;  
55    
56  =head1 FUNCTIONS  =head1 FUNCTIONS
57    
# Line 42  Perhaps a little code snippet. Line 59  Perhaps a little code snippet.
59    
60  Create new input database object.  Create new input database object.
61    
62    my $db = new WebPAC::Input( format => 'NULL' );    my $db = new WebPAC::Input(
63            module => 'WebPAC::Input::MARC',
64            encoding => 'ISO-8859-2',
65            recode => 'char pairs',
66            no_progress_bar => 1,
67      );
68    
69    C<module> is low-level file format module. See L<WebPAC::Input::ISIS> and
70    L<WebPAC::Input::MARC>.
71    
72    Optional parametar C<encoding> specify application code page (which will be
73    used internally). This should probably be your terminal encoding, and by
74    default, it C<ISO-8859-2>.
75    
76    C<recode> is optional string constisting of character or words pairs that
77    should be replaced in input stream.
78    
79    C<no_progress_bar> disables progress bar output on C<STDOUT>
80    
81    This function will also call low-level C<init> if it exists with same
82    parametars.
83    
84  =cut  =cut
85    
86  sub new {  sub new {
87          my $class = shift;          my $class = shift;
88          my $self = {@_};          my $self = {@_};
89          bless($self, $class);          bless($self, $class);
90    
91            my $log = $self->_get_logger;
92    
93            $log->logconfess("code_page argument is not suppored any more. change it to encoding") if ($self->{lookup});
94            $log->logconfess("lookup argument is not suppored any more. rewrite call to lookup_ref") if ($self->{lookup});
95            $log->logconfess("low_mem argument is not suppored any more. rewrite it to load_row and save_row") if ($self->{low_mem});
96    
97            $log->logconfess("specify low-level file format module") unless ($self->{module});
98            my $module_path = $self->{module};
99            $module_path =~ s#::#/#g;
100            $module_path .= '.pm';
101            $log->debug("require low-level module $self->{module} from $module_path");
102    
103            require $module_path;
104    
105            $self->{'encoding'} ||= 'ISO-8859-2';
106    
107          $self ? return $self : return undef;          $self ? return $self : return undef;
108  }  }
109    
110  =head1 MEMORY USAGE  =head2 open
111    
112    This function will read whole database in memory and produce lookups.
113    
114     my $store;     # simple in-memory hash
115    
116     $input->open(
117            path => '/path/to/database/file',
118            code_page => 'cp852',
119            limit => 500,
120            offset => 6000,
121            stats => 1,
122            lookup_coderef => sub {
123                    my $rec = shift;
124                    # store lookups
125            },
126            modify_records => {
127                    900 => { '^a' => { ' : ' => '^b' } },
128                    901 => { '*' => { '^b' => ' ; ' } },
129            },
130            modify_file => 'conf/modify/mapping.map',
131            save_row => sub {
132                    my $a = shift;
133                    $store->{ $a->{id} } = $a->{row};
134            },
135            load_row => sub {
136                    my $a = shift;
137                    return defined($store->{ $a->{id} }) &&
138                            $store->{ $a->{id} };
139            },
140    
141     );
142    
143    By default, C<code_page> is assumed to be C<cp852>.
144    
145    C<offset> is optional parametar to position at some offset before reading from database.
146    
147    C<limit> is optional parametar to read just C<limit> records from database
148    
149    C<stats> create optional report about usage of fields and subfields
150    
151    C<lookup_coderef> is closure to called to save data into lookups
152    
153    C<modify_records> specify mapping from subfields to delimiters or from
154    delimiters to subfields, as well as oprations on fields (if subfield is
155    defined as C<*>.
156    
157    C<modify_file> is alternative for C<modify_records> above which preserves order and offers
158    (hopefully) simplier sintax than YAML or perl (see L</modify_file_regex>). This option
159    overrides C<modify_records> if both exists for same input.
160    
161    C<save_row> and C<load_row> are low-level implementation of store engine. Calling convention
162    is documented in example above.
163    
164    Returns size of database, regardless of C<offset> and C<limit>
165    parametars, see also C<size>.
166    
167    =cut
168    
169    sub open {
170            my $self = shift;
171            my $arg = {@_};
172    
173            my $log = $self->_get_logger();
174    
175            $log->logconfess("lookup argument is not suppored any more. rewrite call to lookup_coderef") if ($arg->{lookup});
176            $log->logconfess("lookup_coderef must be CODE, not ",ref($arg->{lookup_coderef}))
177                    if ($arg->{lookup_coderef} && ref($arg->{lookup_coderef}) ne 'CODE');
178    
179            $log->debug( $arg->{lookup_coderef} ? '' : 'not ', "using lookup_coderef");
180    
181            $log->logcroak("need path") if (! $arg->{'path'});
182            my $code_page = $arg->{'code_page'} || 'cp852';
183    
184            # store data in object
185            $self->{'input_code_page'} = $code_page;
186            foreach my $v (qw/path offset limit/) {
187                    $self->{$v} = $arg->{$v} if ($arg->{$v});
188            }
189    
190            if ($arg->{load_row} || $arg->{save_row}) {
191                    $log->logconfess("save_row and load_row must be defined in pair and be CODE") unless (
192                            ref($arg->{load_row}) eq 'CODE' &&
193                            ref($arg->{save_row}) eq 'CODE'
194                    );
195                    $self->{load_row} = $arg->{load_row};
196                    $self->{save_row} = $arg->{save_row};
197                    $log->debug("using load_row and save_row instead of in-memory hash");
198            }
199    
200            my $filter_ref;
201            my $recode_regex;
202            my $recode_map;
203    
204            if ($self->{recode}) {
205                    my @r = split(/\s/, $self->{recode});
206                    if ($#r % 2 != 1) {
207                            $log->logwarn("recode needs even number of elements (some number of valid pairs)");
208                    } else {
209                            while (@r) {
210                                    my $from = shift @r;
211                                    my $to = shift @r;
212                                    $recode_map->{$from} = $to;
213                            }
214    
215                            $recode_regex = join '|' => keys %{ $recode_map };
216    
217                            $log->debug("using recode regex: $recode_regex");
218                    }
219    
220            }
221    
222            my $rec_regex;
223            if (my $p = $arg->{modify_file}) {
224                    $log->debug("using modify_file $p");
225                    $rec_regex = $self->modify_file_regexps( $p );
226            } elsif (my $h = $arg->{modify_records}) {
227                    $log->debug("using modify_records ", sub { dump( $h ) });
228                    $rec_regex = $self->modify_record_regexps(%{ $h });
229            }
230            $log->debug("rec_regex: ", sub { dump($rec_regex) }) if ($rec_regex);
231    
232            my $class = $self->{module} || $log->logconfess("can't get low-level module name!");
233    
234            my $ll_db = $class->new(
235                    path => $arg->{path},
236    #               filter => sub {
237    #                       my ($l,$f_nr) = @_;
238    #                       return unless defined($l);
239    #                       from_to($l, $code_page, $self->{'encoding'});
240    #                       $l =~ s/($recode_regex)/$recode_map->{$1}/g if ($recode_regex && $recode_map);
241    #                       return $l;
242    #               },
243                    %{ $arg },
244            );
245    
246            unless (defined($ll_db)) {
247                    $log->logwarn("can't open database $arg->{path}, skipping...");
248                    return;
249            }
250    
251            my $size = $ll_db->size;
252    
253            unless ($size) {
254                    $log->logwarn("no records in database $arg->{path}, skipping...");
255                    return;
256            }
257    
258            my $from_rec = 1;
259            my $to_rec = $size;
260    
261            if (my $s = $self->{offset}) {
262                    $log->debug("skipping to MFN $s");
263                    $from_rec = $s;
264            } else {
265                    $self->{offset} = $from_rec;
266            }
267    
268            if ($self->{limit}) {
269                    $log->debug("limiting to ",$self->{limit}," records");
270                    $to_rec = $from_rec + $self->{limit} - 1;
271                    $to_rec = $size if ($to_rec > $size);
272            }
273    
274            # store size for later
275            $self->{size} = ($to_rec - $from_rec) ? ($to_rec - $from_rec + 1) : 0;
276    
277            $log->info("processing $self->{size}/$size records [$from_rec-$to_rec] convert $code_page -> $self->{encoding}", $self->{stats} ? ' [stats]' : '');
278    
279            # read database
280            for (my $pos = $from_rec; $pos <= $to_rec; $pos++) {
281    
282                    $log->debug("position: $pos\n");
283    
284                    my $rec = $ll_db->fetch_rec($pos, sub {
285                                    my ($l,$f_nr,$debug) = @_;
286    #                               return unless defined($l);
287    #                               return $l unless ($rec_regex && $f_nr);
288    
289                                    warn "-=> $f_nr ## $l\n" if ($debug);
290                                    $log->debug("-=> $f_nr ## $l");
291    
292                                    # codepage conversion and recode_regex
293                                    from_to($l, $code_page, $self->{'encoding'});
294                                    $l =~ s/($recode_regex)/$recode_map->{$1}/g if ($recode_regex && $recode_map);
295    
296                                    # apply regexps
297                                    if ($rec_regex && defined($rec_regex->{$f_nr})) {
298                                            $log->logconfess("regexps->{$f_nr} must be ARRAY") if (ref($rec_regex->{$f_nr}) ne 'ARRAY');
299                                            my $c = 0;
300                                            foreach my $r (@{ $rec_regex->{$f_nr} }) {
301                                                    my $old_l = $l;
302                                                    eval '$l =~ ' . $r;
303                                                    if ($old_l ne $l) {
304                                                            $log->debug("REGEX on $f_nr eval \$l =~ $r\n## old l: [$old_l]\n## new l: [$l]");
305                                                            warn "*** $r |$old_l| -> |$l|\n" if ($debug);
306                                                    }
307                                                    $log->error("error applying regex: $r") if ($@);
308                                            }
309                                    }
310    
311                                    $log->debug("<=- $f_nr ## $l");
312                                    warn "<=- $f_nr ## $l\n" if ($debug);
313                                    return $l;
314                    });
315    
316                    $log->debug(sub { dump($rec) });
317    
318                    if (! $rec) {
319                            $log->warn("record $pos empty? skipping...");
320                            next;
321                    }
322    
323                    # store
324                    if ($self->{save_row}) {
325                            $self->{save_row}->({
326                                    id => $pos,
327                                    row => $rec,
328                            });
329                    } else {
330                            $self->{data}->{$pos} = $rec;
331                    }
332    
333                    # create lookup
334                    $arg->{'lookup_coderef'}->( $rec ) if ($rec && $arg->{'lookup_coderef'});
335    
336                    # update counters for statistics
337                    if ($self->{stats}) {
338    
339                            # fetch clean record with regexpes applied for statistics
340                            my $rec = $ll_db->fetch_rec($pos);
341    
342                            foreach my $fld (keys %{ $rec }) {
343                                    $self->{_stats}->{fld}->{ $fld }++;
344    
345                                    $log->logdie("invalid record fild $fld, not ARRAY")
346                                            unless (ref($rec->{ $fld }) eq 'ARRAY');
347            
348                                    foreach my $row (@{ $rec->{$fld} }) {
349    
350                                            if (ref($row) eq 'HASH') {
351    
352                                                    foreach my $sf (keys %{ $row }) {
353                                                            next if ($sf eq 'subfields');
354                                                            $self->{_stats}->{sf}->{ $fld }->{ $sf }->{count}++;
355                                                            $self->{_stats}->{sf}->{ $fld }->{ $sf }->{repeatable}++
356                                                                            if (ref($row->{$sf}) eq 'ARRAY');
357                                                    }
358    
359                                            } else {
360                                                    $self->{_stats}->{repeatable}->{ $fld }++;
361                                            }
362                                    }
363                            }
364                    }
365    
366                    $self->progress_bar($pos,$to_rec) unless ($self->{no_progress_bar});
367    
368            }
369    
370            $self->{pos} = -1;
371            $self->{last_pcnt} = 0;
372    
373            # store max mfn and return it.
374            $self->{max_pos} = $to_rec;
375            $log->debug("max_pos: $to_rec");
376    
377            # save for dump
378            $self->{ll_db} = $ll_db;
379    
380            return $size;
381    }
382    
383    =head2 fetch
384    
385    Fetch next record from database. It will also displays progress bar.
386    
387     my $rec = $isis->fetch;
388    
389    Record from this function should probably go to C<data_structure> for
390    normalisation.
391    
392    =cut
393    
394    sub fetch {
395            my $self = shift;
396    
397            my $log = $self->_get_logger();
398    
399            $log->logconfess("it seems that you didn't load database!") unless ($self->{pos});
400    
401            if ($self->{pos} == -1) {
402                    $self->{pos} = $self->{offset};
403            } else {
404                    $self->{pos}++;
405            }
406    
407            my $mfn = $self->{pos};
408    
409            if ($mfn > $self->{max_pos}) {
410                    $self->{pos} = $self->{max_pos};
411                    $log->debug("at EOF");
412                    return;
413            }
414    
415            $self->progress_bar($mfn,$self->{max_pos}) unless ($self->{no_progress_bar});
416    
417            my $rec;
418    
419            if ($self->{load_row}) {
420                    $rec = $self->{load_row}->({ id => $mfn });
421            } else {
422                    $rec = $self->{data}->{$mfn};
423            }
424    
425            $rec ||= 0E0;
426    }
427    
428    =head2 pos
429    
430    Returns current record number (MFN).
431    
432     print $isis->pos;
433    
434    First record in database has position 1.
435    
436    =cut
437    
438    sub pos {
439            my $self = shift;
440            return $self->{pos};
441    }
442    
443    
444    =head2 size
445    
446    Returns number of records in database
447    
448     print $isis->size;
449    
450    Result from this function can be used to loop through all records
451    
452     foreach my $mfn ( 1 ... $isis->size ) { ... }
453    
454    because it takes into account C<offset> and C<limit>.
455    
456    =cut
457    
458    sub size {
459            my $self = shift;
460            return $self->{size};
461    }
462    
463    =head2 seek
464    
465    Seek to specified MFN in file.
466    
467     $isis->seek(42);
468    
469  C<low_mem> options is double-edged sword. If enabled, WebPAC  First record in database has position 1.
 will run on memory constraint machines (which doesn't have enough  
 physical RAM to create memory structure for whole source database).  
   
 If your machine has 512Mb or more of RAM and database is around 10000 records,  
 memory shouldn't be an issue. If you don't have enough physical RAM, you  
 might consider using virtual memory (if your operating system is handling it  
 well, like on FreeBSD or Linux) instead of dropping to L<DBM::Deep> to handle  
 parsed structure of ISIS database (this is what C<low_mem> option does).  
   
 Hitting swap at end of reading source database is probably o.k. However,  
 hitting swap before 90% will dramatically decrease performance and you will  
 be better off with C<low_mem> and using rest of availble memory for  
 operating system disk cache (Linux is particuallary good about this).  
 However, every access to database record will require disk access, so  
 generation phase will be slower 10-100 times.  
   
 Parsed structures are essential - you just have option to trade RAM memory  
 (which is fast) for disk space (which is slow). Be sure to have planty of  
 disk space if you are using C<low_mem> and thus L<DBM::Deep>.  
   
 However, when WebPAC is running on desktop machines (or laptops :-), it's  
 highly undesireable for system to start swapping. Using C<low_mem> option can  
 reduce WecPAC memory usage to around 64Mb for same database with lookup  
 fields and sorted indexes which stay in RAM. Performance will suffer, but  
 memory usage will really be minimal. It might be also more confortable to  
 run WebPAC reniced on those machines.  
470    
471    =cut
472    
473    sub seek {
474            my $self = shift;
475            my $pos = shift;
476    
477            my $log = $self->_get_logger();
478    
479            $log->logconfess("called without pos") unless defined($pos);
480    
481            if ($pos < 1) {
482                    $log->warn("seek before first record");
483                    $pos = 1;
484            } elsif ($pos > $self->{max_pos}) {
485                    $log->warn("seek beyond last record");
486                    $pos = $self->{max_pos};
487            }
488    
489            return $self->{pos} = (($pos - 1) || -1);
490    }
491    
492    =head2 stats
493    
494    Dump statistics about field and subfield usage
495    
496      print $input->stats;
497    
498    =cut
499    
500    sub stats {
501            my $self = shift;
502    
503            my $log = $self->_get_logger();
504    
505            my $s = $self->{_stats};
506            if (! $s) {
507                    $log->warn("called stats, but there is no statistics collected");
508                    return;
509            }
510    
511            my $max_fld = 0;
512    
513            my $out = join("\n",
514                    map {
515                            my $f = $_ || die "no field";
516                            my $v = $s->{fld}->{$f} || die "no s->{fld}->{$f}";
517                            $max_fld = $v if ($v > $max_fld);
518    
519                            my $o = sprintf("%4s %d ~", $f, $v);
520    
521                            if (defined($s->{sf}->{$f})) {
522                                    map {
523                                            $o .= sprintf(" %s:%d%s", $_,
524                                                    $s->{sf}->{$f}->{$_}->{count},
525                                                    $s->{sf}->{$f}->{$_}->{repeatable} ? '*' : '',
526                                            );
527                                    } sort keys %{ $s->{sf}->{$f} };
528                            }
529    
530                            if (my $v_r = $s->{repeatable}->{$f}) {
531                                    $o .= " ($v_r)" if ($v_r != $v);
532                            }
533    
534                            $o;
535                    } sort { $a cmp $b } keys %{ $s->{fld} }
536            );
537    
538            $log->debug( sub { dump($s) } );
539    
540            return $out;
541    }
542    
543    =head2 dump_ascii
544    
545    Display humanly readable dump of record
546    
547    =cut
548    
549    sub dump_ascii {
550            my $self = shift;
551    
552            return unless $self->{ll_db};
553    
554            if ($self->{ll_db}->can('dump_rec')) {
555                    return $self->{ll_db}->dump_ascii( $self->{pos} );
556            } else {
557                    return dump( $self->{ll_db}->fetch_rec( $self->{pos} ) );
558            }
559    }
560    
561    =head2 modify_record_regexps
562    
563    Generate hash with regexpes to be applied using L<filter>.
564    
565      my $regexpes = $input->modify_record_regexps(
566                    900 => { '^a' => { ' : ' => '^b' } },
567                    901 => { '*' => { '^b' => ' ; ' } },
568      );
569    
570    =cut
571    
572    sub _get_regex {
573            my ($sf,$from,$to) = @_;
574    
575            # protect /
576            $from =~ s!/!\\/!gs;
577            $to =~ s!/!\\/!gs;
578    
579            if ($from =~ m/^regex:(.+)$/) {
580                    $from = $1;
581            } else {
582                    $from = '\Q' . $from . '\E';
583            }
584            if ($sf =~ /^\^/) {
585                    return
586                            's/\Q'. $sf .'\E([^\^]*?)'. $from .'([^\^]*?)/'. $sf .'$1'. $to .'$2/';
587            } else {
588                    return
589                            's/'. $from .'/'. $to .'/g';
590            }
591    }
592    
593    sub modify_record_regexps {
594            my $self = shift;
595            my $modify_record = {@_};
596    
597            my $regexpes;
598    
599            my $log = $self->_get_logger();
600    
601            foreach my $f (keys %$modify_record) {
602                    $log->debug("field: $f");
603    
604                    foreach my $sf (keys %{ $modify_record->{$f} }) {
605                            $log->debug("subfield: $sf");
606    
607                            foreach my $from (keys %{ $modify_record->{$f}->{$sf} }) {
608                                    my $to = $modify_record->{$f}->{$sf}->{$from};
609                                    #die "no field?" unless defined($to);
610                                    $log->debug("transform: |$from| -> |$to|");
611    
612                                    my $regex = _get_regex($sf,$from,$to);
613                                    push @{ $regexpes->{$f} }, $regex;
614                                    $log->debug("regex: $regex");
615                            }
616                    }
617            }
618    
619            return $regexpes;
620    }
621    
622    =head2 modify_file_regexps
623    
624    Generate hash with regexpes to be applied using L<filter> from
625    pseudo hash/yaml format for regex mappings.
626    
627    It should be obvious:
628    
629            200
630              '^a'
631                ' : ' => '^e'
632                ' = ' => '^d'
633    
634    In field I<200> find C<'^a'> and then C<' : '>, and replace it with C<'^e'>.
635    In field I<200> find C<'^a'> and then C<' = '>, and replace it with C<'^d'>.
636    
637      my $regexpes = $input->modify_file_regexps( 'conf/modify/common.pl' );
638    
639    On undef path it will just return.
640    
641    =cut
642    
643    sub modify_file_regexps {
644            my $self = shift;
645    
646            my $modify_path = shift || return;
647    
648            my $log = $self->_get_logger();
649    
650            my $regexpes;
651    
652            CORE::open(my $fh, $modify_path) || $log->logdie("can't open modify file $modify_path: $!");
653    
654            my ($f,$sf);
655    
656            while(<$fh>) {
657                    chomp;
658                    next if (/^#/ || /^\s*$/);
659    
660                    if (/^\s*(\d+)\s*$/) {
661                            $f = $1;
662                            $log->debug("field: $f");
663                            next;
664                    } elsif (/^\s*'([^']*)'\s*$/) {
665                            $sf = $1;
666                            $log->die("can't define subfiled before field in: $_") unless ($f);
667                            $log->debug("subfield: $sf");
668                    } elsif (/^\s*'([^']*)'\s*=>\s*'([^']*)'\s*$/) {
669                            my ($from,$to) = ($1, $2);
670    
671                            $log->debug("transform: |$from| -> |$to|");
672    
673                            my $regex = _get_regex($sf,$from,$to);
674                            push @{ $regexpes->{$f} }, $regex;
675                            $log->debug("regex: $regex");
676                    }
677            }
678    
679            return $regexpes;
680    }
681    
682  =head1 AUTHOR  =head1 AUTHOR
683    
# Line 91  Dobrica Pavlinusic, C<< <dpavlin@rot13.o Line 685  Dobrica Pavlinusic, C<< <dpavlin@rot13.o
685    
686  =head1 COPYRIGHT & LICENSE  =head1 COPYRIGHT & LICENSE
687    
688  Copyright 2005 Dobrica Pavlinusic, All Rights Reserved.  Copyright 2005-2006 Dobrica Pavlinusic, All Rights Reserved.
689    
690  This program is free software; you can redistribute it and/or modify it  This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
691  under the same terms as Perl itself.  under the same terms as Perl itself.

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