| 1 |
my %genetic_code = ( |
| 2 |
'TCA' => 'S', 'TCC' => 'S', 'TCG' => 'S', 'TCT' => 'S', |
| 3 |
'TTC' => 'F', 'TTT' => 'F', 'TTA' => 'L', 'TTG' => 'L', |
| 4 |
'TAC' => 'Y', 'TAT' => 'Y', 'TAA' => '_', 'TAG' => '_', |
| 5 |
'TGC' => 'C', 'TGT' => 'C', 'TGA' => '_', 'TGG' => 'W', |
| 6 |
'CTA' => 'L', 'CTC' => 'L', 'CTG' => 'L', 'CTT' => 'L', |
| 7 |
'CCA' => 'P', 'CCC' => 'P', 'CCG' => 'P', 'CCT' => 'P', |
| 8 |
'CAC' => 'H', 'CAT' => 'H', 'CAA' => 'Q', 'CAG' => 'Q', |
| 9 |
'CGA' => 'R', 'CGC' => 'R', 'CGG' => 'R', 'CGT' => 'R', |
| 10 |
'ATA' => 'I', 'ATC' => 'I', 'ATT' => 'I', 'ATG' => 'M', |
| 11 |
'ACA' => 'T', 'ACC' => 'T', 'ACG' => 'T', 'ACT' => 'T', |
| 12 |
'AAC' => 'N', 'AAT' => 'N', 'AAA' => 'K', 'AAG' => 'K', |
| 13 |
'AGC' => 'S', 'AGT' => 'S', 'AGA' => 'R', 'AGG' => 'R', |
| 14 |
'GTA' => 'V', 'GTC' => 'V', 'GTG' => 'V', 'GTT' => 'V', |
| 15 |
'GCA' => 'A', 'GCC' => 'A', 'GCG' => 'A', 'GCT' => 'A', |
| 16 |
'GAC' => 'D', 'GAT' => 'D', 'GAA' => 'E', 'GAG' => 'E', |
| 17 |
'GGA' => 'G', 'GGC' => 'G', 'GGG' => 'G', 'GGT' => 'G', |
| 18 |
); |
| 19 |
|
| 20 |
sub codon2aa { |
| 21 |
my ( $codon ) = @_; |
| 22 |
|
| 23 |
if ( exists $genetic_code{ $codon } ) { |
| 24 |
return $genetic_code{ $codon }; |
| 25 |
} else { |
| 26 |
die "bad codon: $codon"; |
| 27 |
} |
| 28 |
} |
Parent Directory
| 
Revision Log